国連世界観光機関は以下の組織で構成されています。
総会
総会は国連世界観光機関における主要会合です。2年ごとに開催され、活動の予算やプログラムを承認し、観光分野にとって重要性が高いテーマを議論します。また、4年ごとに事務局長の選挙を行います。総会は加盟国と加盟地域で構成されています。賛助加盟員とその他の国際機関の代表はオブザーバーとして参加します。
世界観光倫理委員会は総会の補助機関です。
地域委員会
UN Tourismには、アフリカ、米州、東アジア・太平洋、ヨーロッパ、中東、南アジアの6つの地域委員会があります。これらの委員会は少なくとも1年に1度会合を開き、全ての加盟国と当該の加盟地域が出席します。当該地域の賛助加盟員はオブザーバーとして参加します。
執行理事会
執行理事会はUN Tourismの運営を担う組織であり、UN Tourismの活動実施および予算厳守に責任を持ちます。少なくとも1年に2度会合を開き、加盟国5カ国につき1か国の割合で総会において選出されたメンバーが出席します。UN Tourismの本部があるスペインは執行理事会の常任理事国です。加盟地域と賛助加盟員の代表は、執行理事会の会合にオブザーバーとして参加します。
技術委員会
UN Tourismメンバーによる専門技術委員会は、管理やプログラムの内容についてアドバイスを行います。こうした委員会には、プログラム・予算委員会、統計・観光サテライト勘定委員会、観光・競争力委員会、観光・持続可能性委員会、世界観光倫理員会、賛助加盟員申請検討委員会などがあります。
事務局
ジョージア出身のズラブ・ポロリカシュヴィリ事務局長が事務局を率い、UN Tourismのマドリッド本部で活動するおよそ110名の常勤スタッフの監督にあたります。こうした職員は、UN Tourismの活動プログラムの実施およびメンバーからの要求の対応に責任をもって取り組みます。また、賛助加盟員はマドリッド本部の常勤の上級部長から支援を受けます。事務局には奈良にある駐日事務所も含まれ、この事務所は日本政府からの財政支援を受けています。UN Tourismでの公用語は、アラビア語、中国語、英語、フランス語、ロシア語、スペイン語となっています。